Zaščitni znak bohinjskega sira je stilizirana oblika podobe starega planšarja iz konca prejšnjega stoletja.

Bohinjski sir je od leta 1999 registriran kot blagovna znamka, ki je od leta 2008 v lasti Bohinjske sirarne d.o.o.

Sir, prepoznaven pod imenom blagovne znamke BOHINJSKI SIR, se izdeluje samo v Bohinjski sirarni v Srednji vasi v Bohinju.