Začetki bohinjskega sirarstva segajo v 13. stoletje. Razvijali so ga planšarji, ki so v poletnih mesecih svojo živino pasli na bohinjskih planinah. Tam so pridobivali mleko in ga predelovali v mlečne izdelke: maslo, skuto in sir.

V zadnji četrtini 19. stoletja je na pobudo tedanjega župnika Janeza Mesarja v Bohinju nastala prva sirarska družba na Kranjskem. Z željo, da bi izdelovali kar najboljši sir, so se povezali s švicarskim sirarjem Tomažem Hitzem. Pod njegovim vodstvom so začeli leta 1873 na Bitenjski planini izdelovati bohinjski sir. V nekaj letih so izdelavo bohinjskega sira razširili na vse bohinjske planine in obe bohinjski dolini (Zgornjo in Spodnjo). Kmalu zatem so ob pomoči Tomaža Hitza v Švici nabavili sirarsko opremo in postavili več sirarn, med njimi tudi sirarno v Srednji vasi.

Sirarstvo v Bohinju je bilo zelo dobro razvito in je predstavljalo pomembno kmetijsko in gospodarsko dejavnost tudi v letih po prvi svetovni vojni. Nato pa je začelo počasi usihati. Sirarne v dolini so zapirale svoja vrata, prav tako se je manjšalo število planšarjev na planinah. Danes nadaljujejo z izdelovanjem sira na planinah le redki posamezniki, v obeh bohinjskih dolinah pa je ohranila proizvodnjo bohinjskega sira le sirarna v Srednji vasi.

Skozi zgodovino se je značilen tradicionalen način izdelave bohinjskega sira prilagajal in spreminjal. Današnji bohinjski sir se od klasičnega ementalskega sira razlikuje po zlatorumeni barvi skorje, sliki na prerezu, dimenzijah, času zorenja ter po specifičnem okusu, ki je rahlo pikanten in spominja na orehova jedrca.